Het merk Patek Philippe dankt zijn naam aan de twee oprichters van het bedrijf: De Pool Norbert Patek, en de Fransman Jean Adrian Philippe. Toen het bedrijf werd opgericht in 1839 heette het nog Patek, Czapek & Cie. Destijds werkte Patek namelijk nog samen met zijn toenmalige partner Franciszek Czapek.
Nadat Patek en Czapek het niet eens waren over de voortgang van het bedrijf, besloten de twee niet langer samen te werken. Patek kwam echter al snel een nieuwe partner tegen, namelijk Jean Adrian Philippe. Het bedrijf kreeg vanaf 1851 officieel de naam Patek, Philippe & Cie.
Philippe had al naam gemaakt in de horlogewereld, omdat hij het patent bezat op het opwindmechanisme dat gebruikmaakte van een kroon. Destijds werden horloges nog voornamelijk met een opwindsleutel opgewonden. Deze uitvinding bracht hem in het oog van veel bekende mensen, onder wie Queen Victoria van het Verenigd Koninkrijk, die in die tijd tot de meest invloedrijke mensen ter wereld behoorde.
Al snel verwierf het nieuwe merk Patek Phillipe veel bekendheid. De horloges waren zowel binnen als buiten Europa erg gewild. Dit kwam mede doordat Philippe nieuwe innovaties bleef doorvoeren die de horloges van Patek Philippe preciezer, duurzamer en moderner maakten. Het bedrijf kreeg opdrachten van de meest invloedrijke personen uit die tijd. Zo maakten ze een exclusief horloge de Queen Victoria. Ook maakten ze in opdracht van Gravin Koscowicz van Hongarije het eerste Zwitserse polshorloge.
Aan het einde van de 19e eeuw waren beide oprichters van het bedrijf overleden, en in de wereldwijde economische crisis kampte het bedrijf met grote financiële problemen. In 1932 werd het bedrijf voor het grootste deel overgekocht door de gebroeders Jean en Charles Henri Stern uit Genève. Vanaf dit moment zou het bedrijf alleen alle horloges onder één dak produceren. Ook werd in dit jaar een van de meest succesvolle modellen ooit van Patek Philippe in leven geroepen, namelijk de Calatrava.
Tot op de dag van vandaag is het bedrijf nog steeds in bezit van de familie Stern.